- Carga las librerías rgbif, sf y spocc.
- La librería rgbif es una interfaz de R para la API de GBIF (Global Biodiversity Information Facility). Permite acceder a los datos de biodiversidad disponibles en GBIF desde R, realizar búsquedas, descargar datos y manipularlos.
- La librería sf (Simple Features) es una interfaz de R para manipular datos vectoriales espaciales en formato simple features. Permite crear, modificar y analizar datos vectoriales espaciales con una sintaxis coherente y fácil de usar.
- La librería spocc es una interfaz de R para la API de GBIF (Global Biodiversity Information Facility) específica para la ecología y la biogeografía. Permite acceder a los datos de biodiversidad disponibles en GBIF desde R, realizar búsquedas, descargar datos y manipularlos en un formato específico para la ecología y biogeografía, es un complemento de la librería rgbif.
library(rgbif)
library(sf)
library(spocc)
2. Establece la ruta de trabajo
setwd("D:/RUTA")
3. Define el nombre de la especie para la búsqueda en GBIF.
name_sp <- "nombre de la especie"
4. Carga un archivo shapefile que delimite el área, por ejemplo puede ser el un país, provincia, cantón, etc,
countries <- st_read("countries.shp")
5. Se utiliza la función "occ" para realizar una consulta a GBIF utilizando el nombre de la especie y los límites de geometría de los países contenidos en «countries». En la función también se puede especificar que sólo se devuelvan las observaciones que tengan coordenadas geográficas y que el número total de observaciones devuelto sea 1000.
df_occ1 <- occ(query = name_sp, from = "gbif", geometry = st_bbox(countries),
has_coords = TRUE, limit = 1000)$gbif$data[[1]]
6. Utiliza lapply para convertir todas las columnas en caracteres.
df_occ2 <- as.data.frame(lapply(df_occ1, as.character), stringsAsFactors=T)
7. Se utiliza la función write.csv para guardar el dataframe «df_occ2» en un archivo CSV
write.csv(df_occ2, paste0("nombre del archivo.csv"),
row.names = F)
